Почему нелогично? Wordstat видит эту фразу без операторов вот так minecraft 1 2 5 русификатор, в кавычках видит ее так же, но минусует хвосты - точки автоматически он не считает (как и ,:;/ и т.д.), вариантов со знаками препинания он не плюсует, т.к. это разные числовые леммы (1 5 и "1.5", он берет именно первый вариант, если не указать !). В кавычках фраза показывается во всех формах, без учета хвостов (скачать, торрент, бесплатно и т.д.), но форма именно с данными числами - без точек, а когда оператором ! указывается на то, что именно форма с точками должна быть во фразе, он показывает кол-во вводов в данной форме числовой леммы.
Проще говоря, при вводе с кавычками или без них, Яндекс считает частотности так: "фраза с 1-цей -2-5" + "фраза с 2-кой -1-5" + "фраза с 5-кой -1-2" + "фраза с 1-цей и 2-двойкой -5" и далее, комбинируя и минусую вторые-третьи числа, итого по всем этим формам получается мизер. Вводя с !, указываете именно на данную форму с точками, которую в базовой частотности он считать не может, т.к. это разные ключевые числа для него (как и было бы нелогично учитывать и считать во фразе "купить принтер" хвост "йогурт"), оттого базовая частотность и частотность по формам ниже, чем частотность точная