яндекс каноникалы понимает.
то, что на разных цмсках это и сложнее и проще одновременно - тогда самое простое решение мета-тег ноиндекс прописать для одного из сайтов - дел на 5 минут, результат гарантирован по сравнению с роботсом

Тогда каноникал это идеальный вариант - рекомендация гугла делать именно так ))

amit, да, решается опять таки очень просто правкой шаблона цмс, особенно если сайты полностью идентичны

честно говоря, выглядит как привет из 90-х. Хотите конструктивный совет? Возьмите хорошую готовую тему для движка и просто измените её под себя - это проще, чем делать с нуля и результат будет гораздо лучше.