Проблема аналогичная, выпала куча страниц из индекса яши(% на ГГЛ упал) а новые посты с сылками ни как не хотят индексироваться уже две недели, раньше максимум за 5 дней залетали

подобная проблема была и у меня, только взломали качественный СДЛ и не на 1 неделю, а как минимум месяц. Яша даже и не индексировал "левые страницы", в то время как в гугле 1к левых весели 3-4 мес после удаления. Никак на позиции, посещаемость не повлияло, следовательно если удалите весь мусор то все вернется на свои круги (конечно если сайт держался в яше заслужено)

Относительно спама в служебных директориях, тоже заметил, нужно закрыть от индексации служебные страницы в robots.txt, создать карту сайта и подсунуть яндексу (можно через webmaster.yandex.ru)

Замечание модератора: Эта тема была закрыта автоматически ввиду отсутствия активности в ней на протяжении 100+ дней. Если Вы считаете ее актуальной и хотите оставить сообщение, то воспользуйтесь кнопкой или обратитесь к любому из модераторов.