Разница в кодирвке и только
ПС пофиг, если они нормально все распознают. То есть если грубых ошибок нету (задана одна кодировка, а реально в другой все или вроде того)

http://ru.wikipedia.org/wiki/UTF-8
http://ru.wikipedia.org/wiki/Windows-1251
Разница есть, но не для ПС.

В гугле ответ можно найти быстрее, чем здесь тему создать.
http://exclusiveblog.ru/markup/windows1251-or-utf8

Как раз последняя статья, которую прочитал перед тем как создать тему.
В гугле может и быстрее, но не всегда правильный ответ выходит первым.
Сейчас работаю в одной английской WYSIWYG. Нет у них там кроме windows-1251 другой кодировки вот и начал переживать, а на сколько правильно будет делать сайт на windows -1251

Делайте в юникоде (UTF-8) в противном случае потом столкнетесь с кучей проблем... для примера
ajax запросы только в utf
в случае подключения модулей автоперевода как правило используется только utf
спецсимвлоы в 1251 это бред, а в utf-8 это спецсимволы

Понятие кодировки тянется с тех времен, когда ресурсы компьютера были сильно ограничены, и содержимое на разных языках приходилось писать одними и теми же значками, а как эти значки отобразятся зависело от выбора этой самой кодировки.

В Unicode (UTF-8) запихнули символы всех национальных алфавитов и еще кое-что.

С практической точки зрения, если есть возможность, то лучше делать сайт, особенно русскоязычный, в UTF-8.

Делайте в UTF, меньше проблем будет с кодировкой в БД, большинство хостингов переходят на UTF

в cp1251 имеет смысл делать только в одном случае: сайт никогда не будет переводиться на другой язык

Если сайт будет на русском и в юникоде, то он покажется нормально даже там, у кого нет русифицированной ОС. Согласен со всеми, проще всего использовать UTF-8, для любых сайтов. Не ошибётесь. (+ насколько мне известно основные движки вроде вордпресса, джумлы и друпала использую юникод).