Здравствуйте.

Необходимые операции по оптимизации Вам будет необходимо выполнить самостоятельно.

Судя по всему у Вас два способа получить изображения: получение миниатюр и получение полных изображений:

RewriteRule ^thumb-(.*)\.jpg$ thumb.php?id=$1 [L]
RewriteRule ^image-(.*)\.jpg$ image.php?id=$1 [L]
RewriteRule ^image-(.*)\.gif$ image.php?id=$1&gif [L]

То есть Вам нужно заменить в своих скриптах вызовы этих изображений на уже расшифрованный адрес.

То есть заменить адреса вида: http://npicture.net/thumb-16A4_4D2B69EC.jpg на http://npicture.net/graphic/thumbs/2011/Ja...A4_4D2B69EC.jpg

По поводу пропажи файлов, мы не можем ничего сообщить, возможно в используемой системе присутствует какой-то алгоритм удаления файлов.

В частности, в файле admin.php присутствует механизм удаления изображений. Однако подтверждения тому, что это происходит с использованием этого файла - нет.