Вот как вариант способ. (первое что пришло в голову)
Для начала нужно получить все ссылки с сайта, на все страницы, как получить больше 1000 ссылок я не знаю точно, но думаю можно покопаться в интернете и найти информацию. До 1000 можно воспользоваться вот например этим сервисом _http://www.seolib.ru/script/mapgenhtml/ там сразу будет стоять маркер на - получить просто список страниц; если нет то выставить его.
Второй шаг, после того как вы получили урлы страниц вашего сайта, массово проверить их на индекс можно с помощью _http://www.yccy.ru/soft/yccy или любого другого софта проверяющего индекс массово. Ну а после всего отобрать страницы которых нет в индексе.

Я обычно захожу в ЯндексвВебмастер /Индексирование сайта/Структура сайта и смотрю где страниц проиндексированных меньше чем загруженных.

Карта сайта чем не список страниц.

Еще как вариант
Есть такая прекрасная программка - Teger называется, здесь на форуме продается, она спарсит все страницы сайта как надо.
Если надо то могу прогнать твой сайт через нее

Не пойму зачем изобретать велосипед?
1) собрали все страницы с сайта ( можно с помощью карты сайта, можно по другому, как хотите)
2) есть такая замечательная программа под названием YCCY, она бесплатна, загрузили туда список, можно и по одному, она Вам выдаст есть в индексе Яндекса, нет в индексе Яндекса, не удалось проверить и тоже самое с гуглом.
Линк на программу.
Удачи!

Nemovalex, да что-то она приверает жестко похоже, выдает что страниц якобы нет в выдаче, если ввести руками то есть.

Первый раз за ней это замечаю!

Скачай RDS Bar.
Установи для своего браузера.
Плюсы, как я считаю:
1.Всегда видно ТИЦ сайта.
2.При открытии, видно за индексированные страницы, а если ткнуть на эти страницы покажет какие страницы висят в индексе.
3.Также виден ПР

Если есть карта сайта или хотя бы список всех страниц и деньги для проверки на RDS (стоит проверка 0,3$ за 1000), то скидывайте список и апи ключ - сделаю. Бесплатно.

Замечание модератора: Эта тема была закрыта автоматически ввиду отсутствия активности в ней на протяжении 100+ дней. Если Вы считаете ее актуальной и хотите оставить сообщение, то воспользуйтесь кнопкой или обратитесь к любому из модераторов.