Чтобы сайты не склеились их не надо делать клонами с одинаковыми контактами. Отсутствие robots.txt не при чем вобще. Его наоборот используют для склейки при необходимости.

Сайты на поддоменах одной тематики? Если у них разные к примеру регионы и контакты, то все будет с ними в порядке.

А как это:

Нет, сайты абсолютно разные - на основном домене СДЛ строительной тематики, а на поддомене каталог сайтов той же тематики, но друг на друга они не ссылаются. И каталог не содержит контента вообще никакого, кроме ссылок на сайты.

Если сайты разные, не пересекаются по контенту и контактам ничего не склеят.
На всякий положите robots.txt с указанием host для каждого сайта, host: site.ru - для основного домена, host: poddomen.site.ru - для второго.

Замечание модератора: Эта тема была закрыта автоматически ввиду отсутствия активности в ней на протяжении 100+ дней. Если Вы считаете ее актуальной и хотите оставить сообщение, то воспользуйтесь кнопкой или обратитесь к любому из модераторов.