Делайте все через 301 редирект. Ну и конечно хорошо было бы что бы статья редиректила на статью, а не на главную.

Zubkov, при установке ЧПУ пропишите для каждой страницы 301 редирект (если это автоматом в джумле не делается), иначе старые адреса будут отдавать 404 код, думаю будет мало полезного для ПС.
Редирект для отдельных сайтов все таки лучше наверно будет прописывать для каждой страницы отдельно, не нужно все редиректить на главную страницу, это не правильно.

По первому вопросу - сначала определитесь для чего вам чпу, что вы получите и что потеряете от их включения.
ЧПУ имеет смысл включать сразу после создания сайта, либо когда вы взяли его на продвижение и он еще не имеет позиций, потому что после включения чпу позиции сайт потеряет, на восстановление уйдет до полугода.
Джумловские урлы нормально индексируются, и рисковать позициями только ради возможности прописать запрос в урле не стоит, это возможно даст плюс при ранжировании, но по личному опыту этот плюс не настолько серьезный, чтобы из-за него терять уже наработанные позиции.
Если же решение принято включать чпу и цель оправдывает средства, тогда прописывайте 301 редирект с каждой не-чпу страницы на новую, когда все новые страницы войдут в индекс старые закройте от индексации в robots.txt . Я до того как столкнулась с такой же ситуацией как у вас даже предположить не могла, что в поиске одновременно могут быть и новые страницы и старые при настроенном редиректе, поэтому старые нужно будет закрывать. И не забудьте "перерулить" при возможности внешние ссылки на новые страницы. По поводу сроков переиндексации посмотрите здесь. По ускорению индексации здесь.

По вопросу № 2 ответ в хелпе яндекса в пункте 7:

Склеятся ли сайты, если настроить перенаправление со всех страниц одного сайта на главную страницу другого?
Да, робот склеит такие сайты, но использовать этот способ не рекомендуется. Вместо него лучше настроить перенаправление на соответствующие друг другу страницы.

Еще в robots.txt тех сайтов, которые хотите подклеить пропишите в дерективе Host имя основного зеркала.

Удачи!

Замечание модератора: Эта тема была закрыта автоматически ввиду отсутствия активности в ней на протяжении 100+ дней. Если Вы считаете ее актуальной и хотите оставить сообщение, то воспользуйтесь кнопкой или обратитесь к любому из модераторов.