Когда у моего хостера нечисть поселилась, сделал так:

- скачал сайт целиком
- проверил все касперычем и др.вебом (ну на всяким случай )
- удалил все у хостера и залил сайт заново

если хостеры нормальные - попроси их просканить

А если антивирус снесет часть сайта, так что он окажется не работоспособен?? Кажется, у меня такой случай...

Тут индивидуально
Если файлики (архивы всякие там) заражены, то их можно и заново найти,
а если в самом скрипте есть код, то он как правило безболезненно удаляется...

Слей сайт и просканируй, потом проверь на работоспособность, и только потом лей его хостеру

Посмотри в админке хоста, там может быть антивирус. По крайней мере в с-панели точно есть.

А может фрейм в самом коде сайта ?

а пароли от ftp где-нибудь лежат? (comander или наподобие)?

Убитсо галавой ап стену...
...и внимательнее выбирать всякие попапоандеры и порно с варезом..

скорее всего трояны, они наверное и тормозят ваш сайт, но выхода не будет если сольете все и заново все зальете! есть только один выход: вам необходимо связаться с хостерами, удалить полностью аккаунт, затем создать новый, но только после сканирования антивирусом самого хостера. А вы здесь ничего не сделаете саи без админов хостера. Удачи вам!