А коды находятся рядом друг с другом на всех страницах?

MeTaTRoN, да.
Сначала идет метрика, потом акавита, потом аналитика.
Притов в шапке есть еще один код аналитики, но они ж не мешают друг другу по идеи.

для примера у меня на одном из сайтов посмотрел

Визитов: 230 Метрика
Посещений: 364 Аналитика

И всегда в аналитике больше было)

Заметил интересный момент.
В аналитике в "Обзор источников трафика" поисковый трафик - 100%
В метрике - 50%

Одних лишь этих данных недостаточно, чтобы выявить причину. Однако, как одна из версий - использование посетителями сайта расширения DoNotTrackMe или подобных. Проверка опытным путём подтвердила право на существования этой версии. Сей аддон блокирует Гугл Аналитику, но никак не реагирует на Яндекс Метрику.
Хотя конечно, уж больно много пользователей получается, нежелающих, чтобы за ними следили. Что за ресурс? Сообщество конспирологов?

Собственно, это логично, если метрика фиксирует в 5+ раз больше посетителей.

Замечание модератора: Эта тема была закрыта автоматически ввиду отсутствия активности в ней на протяжении 100+ дней. Если Вы считаете ее актуальной и хотите оставить сообщение, то воспользуйтесь кнопкой или обратитесь к любому из модераторов.