Ну неужели невозможно вырезать квадрат из шапки (с логотипом или просто чем-то значимым), и перегнать через favicon.ru ? Своими руками.

Сделать такое должен уметь каждый WM на коленке, а не заморачиваться поиском исполнителей.

И проблема только одна - как в 16x16 px засунуть что-то понятное/отличающееся/запоминающееся. Включая отступы в 1...2px, если фон контрастный.

Хм. Перегнанный через любой сервис фавикон, не сравниться с отрисованным в ручную. Это как иконки, можно просто картинку сделать, а можно и чего-нибудь четкое отрисовать. Вообще пиксель-арт художник тонкая натура.