Сталкивался, только на DLE.
Смотрите последние изменённые файлы, у меня был дописан код в конец файла functions.php.

Смотрите в корне: index.php, index2.php. configuration.php
в папке с шаблоном практически все файлы в формате php.

Совет: если в коде не видите вредоносный код, а поисковик ругается либо редиректит с мобильного то это в файлах .js
Часто через шеллы они указывают что бы файлы не изменяли даты последних изменений.

Рекомендую скачать в арихив сайт и затем проверить дескопными антивирусами его.
Обязательно сделайте бесплатным от microsoft - он многое видит.

Просто перезалейте все файлы движка на нормельные и проблема будет решена. По крайней мере. когда такая ситуация возникает у меня. то я не особо мучаясь. просто заливаю новые файлы с оф. разработчика движка и проблема решается сразу.

Можете попробовать также специализированное ПО, например Scripto Guard

так же посмотрите htaccess и код шаблона

zdev1l1990,

Что-то не вижу особой проблемы.
Давайте код "в студию" - посмотрим

У меня Касперский не видит проблемы, но сайт что-то очень долго загружается.

zdev1l1990, как вариант, если делал бэкап до проблемы, то вытащить из него файлы index.php и function.php и сравнить с нынешним - мне именно так сайт лечили.
Причем менее часа прошло.

Еще можно айболитом - целый сайт посвящен

Замечание модератора: Эта тема была закрыта автоматически ввиду отсутствия активности в ней на протяжении 100+ дней. Если Вы считаете ее актуальной и хотите оставить сообщение, то воспользуйтесь кнопкой или обратитесь к любому из модераторов.