Ну, судя по названия, в JS файлах проблема. Проверьте какие JS подключаются. Ну или можно посмотреть недавно созданные js файлы на сервере. А затем поискать с помощью notepad++ по файлам места подключения этих файлов и удалить их.

Что за движок?
Проверка http://antivirus-alarm.ru/proverka/ что говорит?
Посмотрите в файл .htaccess на наличие редиректов.
Что в файлах шаблона?

ТС в вашем случае провреьте корневые файлы вашего сайта, просомтрите шаблон, если у вас нет опыта удаления лучше сразу обратится кспециалистам.

Как раз в том то и дело что вирус специфический, современный и совсем не стандартно (не по указанным выше) лечится.
Копать надо не в базе, он в файлах, а точнее в 3х.
1. - флеш файл .swf
2. - новый появившийся на сайте вызывающий его .js (как правило закодированный)
3. - измененный файл движка / темы / стиля / пинчеванная картинка ... что была на сайте которая подтягивает вышеуказанный файл и максимально незаметна по изменениям (вес и дату стараются оставить как в изначальном).

Поскольку ТС не указал никаких ссылок на сайт, соответственно анализировать нечего, все что могу порекомендовать это посмотреть инструкцию.
Поскольку за последнюю неделю вирус очень активизировался то сделали по нем более подробный обзор, посмотрите должно помочь -
если сами не разберетесь, то обращайтесь в skype: w2b.kz , сделаем за 25$/200 грн./800 руб. за лечение, срок полного возврата в поиск Яндекса пройтет через 2-72 часа.

Как удалить вирус Troj/JSRedir-MH с сайта

Замечание модератора: Эта тема была закрыта автоматически ввиду отсутствия активности в ней на протяжении 100+ дней. Если Вы считаете ее актуальной и хотите оставить сообщение, то воспользуйтесь кнопкой или обратитесь к любому из модераторов.

Сообщение отредактировал w2bcomua - 20.10.2013, 13:42