На мой взгляд, Яндекс преувеличивает значимость ПФ. Ну то есть, они понимают, что этот сигнал хороший, и хорошо бы его научится как–то ценить. У меня такие мысли:

1. Доля ПФ пока еще очень низкая, потому как не до конца понятно, как отделять, где накручивает вебмастер, а где — конкуренты. Можно ведь действительно завалить накруткой. С другой стороны, учитывая полномасштабную монетизацию поиска (услуги, мастер, маркет,такси, билеты и пр.) Яндексу наплевать на то, кто накручивал — если заподозрили, значит под фильтр. По письмам к Платону тоже особо не сложить картинку.

2. Предположим, что доля ПФ средняя. В таком случае, нужно опять же научится ее не только оценивать, но и отсекать накрутку от реальных действий, а с отключением ссылок этот сигнал стал более зашумленным (все же сразу накручивать побежали).
Выходит, что через какое–то время придется отказыватся от ПФ? Вот этот пункт как раз объясняет, что и ссылки отключать не следовало.

3. Работа по ПФ идет по какой–то очень скромной формуле, потому что есть много аспектов, которые довольно сложно посчитать, и уж тем более обучить машину.

Все это теория конечно, догадки. Просто замеряли кликовые/некликовые ПФ на сайтах — особых подвижек не было, хотя не накручивали. Выходит, что качественный сигнал почти не учитывается.