А вам за это что в универе обещали?

Смотрите, как мне видится

Есть отдельные сущности:

• Факультет (он у вас один, в данном случае)
• Специализация
• Курс

Есть сущность - предметы. Которые через сущность "Факультет" принадлежат специализации и курсу.
Есть сущность - пользователь. Суперпользователь (декан) относится к факультету, пользователь "Преподаватель" имеет связь с предметами.
Пользователь "Студент" принадлежит конкретному курсу в своей специализации, через него к предметам на своем курсе.

"Преподаватель" (либо Декан) ставит "Студенту" оценки, зачеты, экзамены в рамках "Предметов", которым назначен.
"Студент", соответственно, видит все это дело в своем личном кабинете.

Это с примитивной точки зрения, раскручивать все можно дальше.

По реализации - я бы реализовал на самописе, по вашему ТЗ.
По стоимости очень сложно сказать без ТЗ, но 400$+ точно.