tufanov, некоторые так и делают - скрывают страницы категорий и подкатегорий,а  сами статьи естесственно отрыты.
Но, например, я не закрывал категории.
В любом случае, если вы добавили свою карту сайта в панель вебмастера гугл и яндекса и их анализ не выдал ошибок, то роботы будут руководствоваться данной картой сайта и рано или поздно проиндексируют незакрытую статью. Тут уже как вы приучите робота ходить к себе на сайт и какие мероприятия будете проводить для ускорения индексации.

Также при закрытии категорий, я бы порекомендовал сделать хорошую перелинковку между статьями, это и в индексации очень поможет роботу. Только не злоупотребляйте разными плагинами по автоматической перелинковке, заспамите тогда все, лучше медленно, но ручками все делать! :)

Для постраничной навигации можно можно в мета-теги robots добавить noindex, follow. Тогда роботы поисковых систем будут по ним ходить, но не будут индексировать.

Согласен с выше сказанным, запретите постраничную навигацию мета тегом, а не файлом роботс

Evgeniy3200, что такое перелинковка? это когда на странице статей выводить например тор10 или случайный список с названиями и ссылками на другие статьи? 
Sosnovskij, Спасибо, так и сделаю! 

tufanov, перелинковка это связывание статей ссылками. То есть в статье ссылаешься на другие свои статьи схожии по тематике и по смыслу. 

tufanov, вам уже ответили. Добавлю только то, что перелинковку можно делать вручную,а  можно с помощью плагинов. Но лучше вручную.
Модули похожих новостей, самых читаемых и т.д. на других сайтах внутри статей - это тоже своеобразная перелинковка, которая зачастую и делается с помощью плагинов. 

я категорию скрывал, вроде всё нормально  

Evgeniy3200, я понял, иногда так и делаю, если в самой статье. А вот если все таки динамический блок, 10 случайных статей, которые по смыслу зачастую несхожи, да и при каждом заходе робота будут разными, как это влияет? или нужно закрывать такие блоки <noindex>?

а у меня еще вопрос, какой <changefreq> нужно указывать для статьи? ведь по сути она размещается раз и навсегда

и какая должна указываться дата в <lastmod>? дата создания статьи или дата индексации? и нужен ли он вообще?