Вы можете перенести сайт на домен без указания конкретного региона, а контактные данные региональных филиалов, если таковые имеются, разместить на его отдельной странице. Наши рекомендации по переезду сайта на другое доменное имя Вы можете найти на странице http://help.yandex.ru/webmaster/yandex-ind...moving-site.xml. Если следовать им, то со временем старый и новый домен должны быть признаны зеркалами и объединены в соответствующую группу. После склейки индексироваться и участвовать в поиске будут только страницы главного зеркала, которое будет выбрано в соответствии с заданными Вами указаниями. Характеристики неглавного зеркала при этом начнут учитываться для главного.

Если же Вы решите не завсимо от основного проекта создавать региональные сайты на отдельных ресурсах, то в случае достаточной идентичности их содержимого они могут быть склеены в группу зеркал, в результате чего в поисковой выдаче сможет участвовать только один из них. Чтобы Ваши сайты могли индексироваться и отображаться в результатах поиска независимо друг от друга, отдаваемое ими содержимое должно существенно различаться. В этом случае они будут восприниматься поисковой системой как отдельные, не связанные между собой ресурсы.