Вариантов вижу всего два:
Либо вы не убрали возможность регистрации, или же не перекрыли её полностью
Либо имел место взлом админки незаметный.
Если у кого есть соображения - отпишите, мне самому интересно.

Какая версия движка то? Сами как запретили регистрацию, проверяли, возможно ли или нет? Именно еще перейдя по рег ссылке, что в стандарте движка идет, тоже пробовали? Проверьте, а тогда можно будет говорить уже что-то. Пока не думаю что взлом.

Как вы вообще запретили регестрацию поясните нам.

Запретили регистрацию или убрали ссылку на регистрацию с сайта? Если второе, то зарегистрироваться все равно можно. Зачем? Ссылка с профиля, спам в общем.

Дело в том, что в списке пользователей только я один, а на главной админки написано, что зарегистрированно 3 человека. Не понимаю, где еще 2 чела?

По списку пользователей просмотрите есть ли еще кто. Если нету - значит это Вы создавали юзеров, которых удалили. Почистите базу или в самой базе посмотрите на таблицу пользователей.

А если я пароль от админки менял? Из-за этого могут быть лишние юзеры?

Каким боком, смена пароля от админки, может сделать вам аж 3 новых юзера?? Сделайте для начала то, что вам выше отписали и проверьте все.

это вне всякого сомнения либо разработчики самого движка, оставили уязвимость, и вам необходимо срочно сменить движек, либо это прежние владельцы домена пакостят, и вас надо менять домен. в другом случае - надо менять подход.