Сайт на RU домене функционирует параллельно NET?
Склейку доменов проводили?

склейка была, в гугле всё склеилось, а вот яша... Нет, после смены домена, домен ru перестал функционировать и остался только новоый - net

Не совсем понятно, Вы удалили RU домен до АПа зеркальщика?
Host в robots и 301 редирект через htaccess делали?
Контент на сайте уникальный?

нет, он работал в процессе склеивании, а перестал существовать только в начале этого лета. Но к тому времени в гугле уже всё склеилось, в яндекс попала главная страница
Контент сам пишу. т.е. все описания к новостям, статьи. Конечно попадают на сайт новости от журналистов, но их процент маленький
"Host в robots и 301 редирект через htaccess делали?" не совсем понял

Каким образом Вы проводили склейку доменов?

Сообщение отредактировал startup - 3.9.2011, 11:39

прописывал в robots.txt. В поиск яши сайт то попал, сначала робот загружал ссылки, около 11000 загрузил и поставил в очередь, но потом спустя какое то время из очереди всё удалилось, не успев даже попасть в поиска и осталась только главная страница

Что именно прописывали? Складывается впечатление, что склейки не произошло, Яндекс попросту определил NET полным дубликатом и, соотвтетственно, зафильтровал.

сначала в текстовой файле робота
User-Agent: Yandex
Host: site.net

потом в корне сайта в файле .htaccess
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.site.ru
RewriteRule ^(.*)$ http://site.net/$1 [R=301,L]

вроде так, думаешь под фильтром сайт? А как то это можно проверить?

В принципе, все верно.
Скорее всего, просто не дождались АПа зеркальщика.
Отпишите в поддержку, опишите суть проблемы, если сайт качественный - проблем не будет