1) ЯК придает больше доверия сайту со стороны яндекса, попасть можно на бесплатной основе (почти не реально) и на платной. Но я бы лучше вложил эти деньги на развитие и внешнюю оптимизацию сайта.
2)Пишите сами, или поищите какие-то книги по теме
3)СЕО
4)думаю 3% ключевиков на страницу будет достаточно (можно посмотреть сколько у конкурентов, которые на первом месте поисковой выдачи, так даже будет более правильно)
5)Ускорить индексацию можно ручным добавлением адреса новых материалов в яндекс (add url). Еще можно на каждую новость покупать пару твитов с ссылкой на статью. Или создайте группы в социальных сетях, и постите туда анонсы своих статьей
6) для чего именно вам нужны каталоги?
7) такой программы не знаю, пользуюсь разными сервисами

Karsten,
Если страницы из Яндекса выпали, то скоро и доход упадет, постарайтесь вернуть все как было, тогда и имеет смысл покупать сайт. Что же касается домена, то если он в ЯК и Дмоз, то это уже неплохо, в том плане, что потом на этот же домен можно повесить какой то другой сайт. Но все зависит от стоимости, если дорого, то смысла заморачиватся я не вижу.