Лучше делать в том, в чем вы хорошо разбираитесь иначе времени много убьете на создание проекта.

Илюха, Если есть подозрение на файл, это не значит что он им является, возможно просто присутствует какая то функция в файле, которая также часто используется в шеллах, ай-болит'ом имеет смысл сканировать в режиме параноика и во всех файлах! как таковой сам файл x.txt мог появится в следствии чека сайтов по конкретной уязвимости, т.е имеет смысл навести профилактические работы, которые помогут предотвратить потенциальный взлом сайта.

Письмо может попадать в спам из-за идентичности письма в массовых рассылках и из-за ip c которого идет рассылка, на счет идентичности письма, попробуйте его уникалезировать к примеру добавить хешь по дате в теле письма