Как может быть причинен вред? Лично я знаю способ когда конкуренты могут выжать обратные ссылки и не только разместить свои, но и попросить владельцев сайтов убрать. Хотя счетчики не единственный и не самый удобный способ узнать обратные ссылки на сайт.
Многие люди даже во время продажи, например на серч энджинс или на телдери публикуют обьявления о продаже не указывая домен своего сайта. Это для меня вообще загадка. Причем в большинстве случаев это сайты с высокой посещаемостью. Не могу понять в чем прелесть такого скрытия и его преимущества.