Начнем от общего к частному, факторы делятся на внешние и внутренние.
К внутренним факторам я отношу:
Техническое состояние cайта:
Отсутствие дублей страниц
корректная работа 404 страницы
корректный ответ сервера у всех страниц
правильная работа редиректов
наличие карты сайта
Правильный и грамотно структурированный текст:
Текст должен отвечать на те запросы, под который он оптимизирован и выдавать полный ответ на запрос.
Текст нужно структурировать по смысловым блокам таким образом, чтобы посетитель сайта мог найти интересующий абзац не читая весь текст
Использование спецтерминов в тексте, свойственных тематике
Общее количество уникальных слов на сайте
>>Пример структуры страниц для сайта медицинской тематики<<

Грамотно подобранный контент:
Фото контент
Видео контент
Инфографика
Различные элементы функционала: кнопки, формы заказа, калькуляторы, информеры и так далее, в зависимости от тематики
Регулярно обновляемый контент:
Для каждого сайта я стараюсь внедрить раздел, куда удобно будет добавлять постоянно обновляемый контент, например новости, блог и так далее.
Это помогает загнать на сайт быстро робота, что в свою очередь улучшает скорость индексации сайта, а так же помогает повысить траст сайта и при правильной перелинковке накачать посадочные страницы, ну и дополнительный трафик.

Поведенческие факторы:
Кликабельный сниппет
% возвращения на сайт
% прямых заходов на сайт от общего числа
переходы с других сайтов
вовлеченность пользователя (время на сайте, кол-во просмотренных страниц)
удовлетворенность полнотой ответа (имеется ввиду, что пользователь заканчивает поиск после посещения сайта)
Перелинковка:
Грамотно организованная перелинковка, тут все просто, нужно организовать перелинковку так, чтобы согнать вес(пощупать вес можна Линкоскопом и page weight) на продвигаемые страниц.

Наличие сервисов от поисковых систем
вебмастер
счетчик
новости
поиск и др.
К внешним факторам я отношу:

Ссылочный фактор:
Нужно соблюдать естественный % анкорных к безанкорным и ссылок с картинок
Наличие ссылок со всех источников: форумы, блоги, тематические сайты, нетематические сайты, каталоги и др.
естественный % nofollow ссылок
наличие ссылок из комментариев

Социальные факторы:

наличие социальных сообществ
наличие кнопок мне нравится и поделиться а так же виджета группы на сайте
траффик из социальных сетей
количество упоминаний в социальных сетях

Я так понимаю Яндекс пытается снизить влияние факторов, которые можно измерить и манипулировать, вижу что внутренние факторы, контент и функционал стал оказывать все большее влияние на ранжирования, так же заметна тенденция на социализацию, но сейчас влияние социальных факторов сейчас не сильно заметно. Ну и кончено основное влияние оказывают поведенческие факторы.
Ссылки не отменили, а просто строже стали к ним относиться, я так понимаю яндекс просто ввел дополнительные усложненные метрики для измерения качества ссылок.