Скорее всего робот еще не успел зайти в дебри вашего сайта. Зачем такая хитрая структура со множеством вложенных папок? Да и лишнего кода многовато...

Структуру как раз и поменял в надежде, что ему больше понравятся файлы, называющиеся index.php (гостевую-то заметил!)... А какой код - лишний?

В коде не должно быть ничего лишнего и все должно быть грамотно и аккуратно выполнено. Взять хоть главную. Тег пропущен, ну и фиг с ним. А кто вам посоветовал использовать два тайтла? Неужели ПС советуют? В поле заголовка слишком много мета-тегов. Зачем?
Я бы оставил кодировку, описание и подключение файлов со стайлами. Можно и дальше пойти, но...время- деньги.

Такого я еще не слышал. Почитай для начала теорию, теорию не по сео.

Про 2 ТАЙТЛа и всего остального я прочитал на каком-то блоге (не помню на каком). Что, мол, одни ПС съедят одно, другие - другое. Врут что ли?
Ну а код постараюсь "причесать", спасибо!

Глаза режет афигенно.
Читать не возможно.
На главной текст заманушный.

Уничтожить, убить лишний тайтл!!!
Туда же кучу лишних тегов мета.

На сайте - куча рекламы! Выкинуть что-то лишнее!
Вообще порядок на сайте надо навести, дизайн доработать...

Спасибо, буду работать!

зайдите в панель вебмастера на Яндексе, узнаете мнение Яндекс робота о вашем сайте!

Спасибо, но " На данный момент доступ к разделу "Мои сайты" осуществляется только по приглашению." - это цитата с Яндекс.Вебмастер