в первую очередь посещаемость

Посещаемость
Возраст (тут смотря какая цель, иногда ищу старые, иногда наоборот супер свежак)
Заспамленность

Обычно когда есть посещаемость, то всё остальное как-то до лампочки, если конечно это не накрутка,
хотя сейчас счётчики накрутку видят и блокируют.
При посещалке есть и переходы на сайт, это так же видно со счётчика.

Как ее можно отличить от естественного трафа?

Если грамотная, то никак.

Только если иметь доступ к статистике - по другому никак.
Смотрю на показатели, посещаемость, заспамленность.

Telnor, как уже написал,
счётчики сейчас блокируют ложные посещения например (liveinternet) и подсчёт возобновляется только после
прекращения накрутки. Не так уж много сайтов САР которые все уже знают как облупленные.
А если просто боты так они игнорируются.
Ну а у кого стоят счётчики гугла или яндекса, не советую экспериментировать с привлечением фуфлыжного трафа.

Сейчас вообще стремно. Конкуренты не спят - наливают по заказу стремный траф. А ПС вроде как должны отреагировать, с одной стороны - а с другой происки конкурентов же как на ладони. И получается каждый раз вопрос решается "как карта ляжет" - живешь, как на пороховой бочке.

И насколько хватит терпения и желания переписываться с ТП яндекса.
С гуглом уже сложнее, но он и за пф не так режет, точнее вообще не режет по сути.