$filename = __DIR__.'/links.txt'; // путь к файлу с ссылками
$data = array();

if (file_exists($filename)) {
    $links = file_get_contents($filename);
    if (!empty($links)) {
        $links = explode("\r\n", $links);
        foreach ($links as $one) {
            if (!empty($one)) {
                $one = trim($one);
                $one = preg_replace('/\/.*$/', '', $one);
                $one = explode('.', $one);
                $one_count = count($one);
                if ($one_count > 1) {
                    $one = $one[$one_count-2]. '.' . $one[$one_count-1];
                    $data[] = $one;
                }
            }
        }
    }
}

$data_count = count($data);
if($data_count > 0){
  // удаляем дубли
  $data = array_unique($data);
  // адрес файла для записи результатов
  $filename = __DIR__.'/data.txt';
  $filedata = implode("\r\n", $data);
  // записываем файл
  @file_put_contents($filename, $filedata, LOCK_EX);
}

// массив доменов, для которых допустимы поддомены
$domen = array(
    'com.ru',
    'ru.net',
    'net.ru'
    );

$filename = __DIR__.'/links.txt'; // путь к файлу с ссылками
$data = array();

if (file_exists($filename)) {
    $links = file_get_contents($filename);
    if (!empty($links)) {
        $links = explode("\r\n", $links);
        foreach ($links as $one) {
            if (!empty($one)) {
                $one = trim($one);
                $one = strtolower($one);
                $one = preg_replace('/\/.*$/', '', $one);
                $one = explode('.', $one);
                $one_count = count($one);
                if ($one_count > 1) {
                    $str = $one[$one_count-2]. '.' .$one[$one_count-1];
                    if (in_array($str, $domen) && !empty($one[$one_count-3])) {
                        $str = $one[$one_count-3]. '.' .$str;
                    }
                    $data[] = $str;
                }
            }
        }
    }
}

$data_count = count($data);
if($data_count > 0){
  // удаляем дубли
  $data = array_unique($data);
  // адрес файла для записи результатов
  $filename = __DIR__.'/data.txt';
  $filedata = implode("\r\n", $data);
  // записываем файл
  @file_put_contents($filename, $filedata, LOCK_EX);
}