как давно добавлены страницы каталожные?
яндекс может заходить на сайт раз в неделю, если он не новостной и не часто обновляемый
при этом не факт что он обойдет весь сайт
поэтому что бы многостраничные сайты полностью поиндексирвоались бывает проходит месяц и более.

каталог в том виде, в каком он есть, добавлен в ноябре-декабре 2013 года.
Робот с обновлением индексированных страниц заходит к нам 2 раза в неделю (мы это видим из сообщений яндекса - о том, что произошло обновление поисковой базы)

подождите еще немного, перелинковка не плохая на сайте, просто нужно больше времени.

Что помогло в похожей ситуации.
1. Регулярные небольшие изменения на главной странице.
2. Прогон по каталогам некоторых страниц нижних уровней (без фанатизма).
Встречал рекомендацию про временную на 1-2 дня закупку ссылок с авторитетных и посещаемых СМИ интернет-ресурсов, но сам не пробовал.

Замечание модератора: Эта тема была закрыта автоматически ввиду отсутствия активности в ней на протяжении 100+ дней. Если Вы считаете ее актуальной и хотите оставить сообщение, то воспользуйтесь кнопкой или обратитесь к любому из модераторов.