1. Да всё верно, переходы будут уходить на поддомены, по сути будет исходящей ссылкой.. это как бы неплохо и нехорошо, вес как бы будете раскидывать. Этой логикой построения руководствуются многие крупные справочники и каталоги. Явно ведь будут обратные ссылки с поддоменов на Ваш справочник верно, так что думаю исполнять танцы с бубнами рановато:)
2. Если решили кардинально перенести контент с поддоменов на внутренние страницы, просто оставляем редирект.. намекая на ваш переезд и переносим контент, соответственно поддомены с данным контентом будут недоступны.

Замечание модератора: Эта тема была закрыта автоматически ввиду отсутствия активности в ней на протяжении 100+ дней. Если Вы считаете ее актуальной и хотите оставить сообщение, то воспользуйтесь кнопкой или обратитесь к любому из модераторов.