Kord18, скорее всего проблема в визуальном редакторе.

Т.к. визуальный редактор по своим правилам интерпритирует html, после внесения изменений во первых код сильно засоряется, во вторых часто наблюдаются подобные проблемы, особенно если структура html на конкретной редактируемой странице достаточно сложная.

Сам с таким когда-то давно сталкивался. Вариант выхода (как сделал я): полностью отключил визуальный редактор в CMS и сугубо на html правлю страницы сайта и контент. 

P.S.
Когда то даже об этой проблеме на своей CMS писал тему на форуме, почитайте, может натолкнет на мысли нужные: http://www.masterwebs.ru/topic/22862-alter...toru/?hl=joomla