Причина в том, что вы не хотите платить специалисту,
Который разобрался бы в вашей проблеме
Решать такие проблемы, не видя сайта, просто бред :D

Согласен, тут надо внимательно смотреть все и анализировать, за бесплатно сомневаюсь, что кто-то будет разбираться.

Яндекс знает прекрасно, где главный домен, где поддомен (тем более вы сказали, что регионы правильно присвоены – наверное все это проверяли в Яндекс.Вебмастере?). Просто он считает, что поддомен более релевантный. Что можно сделать?
1. Улучшить текстовую релевантность главного домена. Тупо добавить в тексты и мета-теги слово "Сочи". Может сработать.
2. Усилить главный домен ссылками. Но опять-таки надо ссылки ставить с сочинских сайтов и возможно в анкорах некоторых ссылок добавлять слово "сочи".
3. Подкрутить поведенческие факторы. Если месяц крутить по нужным запросам с сочинскими прокси главный домен, поддомены точно не будут появляться по этим же запросам.

Замечание модератора: Эта тема была закрыта автоматически ввиду отсутствия активности в ней на протяжении 100+ дней. Если Вы считаете ее актуальной и хотите оставить сообщение, то воспользуйтесь кнопкой или обратитесь к любому из модераторов.